由於日本自 7 月初開始，針對南韓在出口管理上採取嚴格管制措施，為此，南韓在 9 月 11 日向世界貿易組織 WTO 提出申訴。日本經濟產業大臣菅原一秀在週五 (20 日) 時表示，將回應南韓的要求，進行日韓兩國間協議。
在 WTO 的審議方式上，在收到申訴後，會要求當事國進行協議。若在 60 天的期限內無法達成共識，將轉由 WTO 的小委員會進行審議。如果沒有意外的話，這回日韓兩國爭議應無法透過兩國協議來解決，相關爭議恐陷入長期化發展。
菅原一秀在 20 日的內閣會議後，於記者會上強調日本的出口管制措施「合乎 WTO 協定，日本政府的立場沒有改變」。在具體的協議時程方面，會在日後進行調整。
WTO 為禁止貿易上的差別待遇，針對會員國們設有最惠國待遇的原則規定。此外，也禁止在進出口採取數量限制。南韓認為日本在這方面違反「關稅暨貿易總協定」(GATT) 第 1 條及第 11 條規定，也以此為據向 WTO 提出申訴。
在南韓向 WTO 提出申訴的理由方面，除了日本在出口管理採取嚴格管制外，還主張日本在二戰時期的「徵用工」賠償訴訟問題上，有向南韓進行經濟報復的政治動機。對於南韓的主張，日本政府則維持一貫說法，表示是基於安全保障上的必要措施，在立場上從未動搖。預估日本將以 GATT 第 21 條規定，以安全保障上的理由向南韓提出反駁。
未來日韓兩國若無法在 60 天的協議期間達成共識，南韓將可要求 WTO 的小委員會進行審議。若對審議結果感到不滿，將轉由上級委員會進行最後審議。依照過去慣例，從申訴到上級委員會審議完成需費時 2 年以上的時間。