受到武漢肺炎疫情影響，日本的第三班撤僑包機，在週五 (31 日) 上午 7 點 45 分 (日本時間) 自中國湖北省武漢出發，已於同日上午 10 點半前抵達日本東京羽田機場。該班機載有 149 名日本人，在抵達日本國門後，不論是否有相關症狀，都將接受醫療單位調查，以確認是否遭到病毒感染。
由於目前還有停留在中國的日本人希望搭乘包機返國，日本政府也打算於下週派出第四班的包機。
此外，原本日本政府打算向每位搭乘撤僑包機的乘客收取相當於經濟艙標準票價的 8 萬日圓費用，也因而遭到在野黨等多方抨擊。日本首相安倍晉三在週五 (31 日) 上午的眾議院預算委員會中也一改先前態度，表示將以政府負擔的方式來進行調整。
由於先前有搭乘日本政府包機的乘客在返抵日本後才發現，有兩名乘客雖無相關症狀出現，但其實已遭到病毒感染。受此影響，在第三班撤僑班機上的空服員也都在機內穿上防護衣，並且帶上口罩與手套，也不以手拿的方式來提供餐飲。
負責包機任務的「全日空」(ANA) 公司也表示，參與撤僑任務的飛行員們都將休息 3 天，而空服員們在勤務結束後也將休息兩週時間來進行健康管理。飛機客艙也都將進行消毒。
而南韓政府的首班撤僑包機也在週五上午 8 點 (南韓時間) 左右飛抵金浦國際機場，機上共載有 367 名停留在武漢及附近的南韓人。在返抵南韓後，也都將在南韓當局所安排的臨時住宿場所進行兩週時間的觀察。
目前還有 350 名左右的南韓僑民，正等待搭上第二班的撤僑包機。南韓當局也持續的與中國政府進行溝通當中。