繼陸客全面禁止來台後，交通部依衛福部要求，將從 2 月 10 日起至 4 月 29 日停止兩岸客運航線，僅留下往返京首都機場、上海浦東和虹橋機場、廈門高崎機場以及成都雙流機場航線，堪稱 2009 年有兩岸定期航班以來最嚴重的狀況，航空業、國內觀光業者都將受重創。
對此，交通部長林佳龍表示已批准部分紓困方案經費，由於兩岸取消出團，估計相關業者合計損失約 20 億元，因此，已批准近 20 億元救急金，以彌補代墊款損失。
截至目前，國籍航空包括華航、長榮、立榮、星宇和台灣虎航等均有取消兩岸航班，合計已超過超過千班，勢必衝擊第一季的營收和獲利表現。
法人認為，交通部宣布停止兩岸客運航線至 4 月 29 日，等同於武漢肺炎疫情對航空業、觀光業的衝擊將延續至第二季，上半年相關業者的營運表現僅可保守看待，至於觀光業能否因政府積極推動國旅而有起色，有待觀察。