由於近來武漢肺炎疫情在日本國內出現擴大跡象，由日本政府所組成的新型冠狀病毒感染症對策本部，週日 (16 日) 在日本首相官邸召開會議，專家們認為日本疫情在目前已進入「境內發生初期階段」，並判斷今後疫情還會更加擴大。
另外當天在對策本部會議結束後也召開了專家會議，也決定最快在 17 日時，就會公布一般人在什麼樣的情況下就必須到醫療院所接受診斷。
日本首相安倍晉三表示「近來在日本的感染狀況方面，有確認發生新的感染案例」。他也說明日本全國提供 24 小時服務的歸國者．接觸者諮詢中心，以及在診療體制作好準備的醫療院所數量將從 726 處增加到 800 處。
週日 (16 日) 召開的首度專家會議，有感染症專家與律師們出席。曾為武漢肺炎患者看診過的醫師們也在會中作出報告，提到類似感冒的症狀拉長，還有身體倦怠感出現持續等特徵。多數患者的症狀輕微，不過年長及慢性病患者們的症狀則容易轉趨惡化。
對策本部也將編撰武漢肺炎的診療指南，並提供相關的病例資料給各醫療院所作為參考。
目前日本在北海道、千葉以及神奈川等地，都已出現與中國之間沒有互動關係的武漢肺炎確診病例。在和歌山縣也有醫師感染武漢肺炎，發生院內感染的可能性高。日本厚生勞動省大臣加藤勝信表示「狀況與過去不同」，在態度上認為日本的境內感染已邁入全新局面。