根據財政部統計，2002~2003 年受網路泡沫化與 SARS 疫情衝擊，導致當稅收分別短徵 849 億元、1203 億元，儘管市場普遍認為武漢肺炎疫情屬短期因素，但仍不排除可能影響今年部分稅目稅收表現，其中營業稅將首當其衝受影響。
但因財政部對於今年稅收預算編列相對保守、僅 1.68 兆元，年增幅不到 2%，加上受疫情衝擊最大稅目應為所得稅，因此疫情是否影響稅收，可能要到 2021 年 5 月申報才可望明朗。
財政部今 (20) 日發布統計通報，回顧 2002 年、2003 年受網路泡沫化、SARS 疫情衝擊，導致我國連續 2 年出現稅收短徵；2009 年金融海嘯稅收短徵高達 2538 億元、2012 年、2013 年歐債危機，也使當年度稅收分別短徵 258 億元、296 億元。
官員表示，武漢肺炎對稅收的影響，首當其衝稅目當屬營業稅，換言之，最近幾個月營業稅報繳狀況，就能分析疫情對於稅收的影響；至於營所稅與綜所稅則是延後反應，其中對綜所稅的影響，可能要到 2021 年 5 月申報才能見分曉。
財政部統計處表示，政府編列稅收預算都會參考未來景氣、近年稅收與稅目特性進行評估，做為未來編列稅課收入依據，中間還會經過約 3 個月年度的審議與執行，中間容易受國內外政經因素，或其他無法預知意外事件影響，因此容易出現短徵或超徵的現象。
舉例來說，2001 年到 2003 年有網路泡沫與 SARS 影響，導致實徵稅收連續兩年低於預算數，2009 年則有金融海嘯導致當年稅收短徵 2538 億元，短徵數創下空前紀錄。
2014 年、2015 年受惠於景氣回溫，企業獲利成長，而且連續兩年因金融業調整稅額、房地合一稅上路帶動房地產交易升溫帶動稅收增加；2016 年則因公告地價調漲、股利可扣抵稅額減半、使當年度稅收超徵 1278 億元。