因應疫情衝擊，立法院朝野協商後，今 (25) 日三讀通過「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」，規定經費上限為新台幣 600 億元，其中，經衛生機關認定須隔離或檢疫者等，可申請防疫補償，而在野黨提出的防疫隔離假、照顧假給薪，最後並未入法。
行政院會 20 日通過因應武漢肺炎 (COVID-19) 特別條例草案，共 18 條，分為防治、紓困、振興與罰則四大部分。國民黨團、台灣民眾黨團、時代力量黨團及個別立委也另提 11 個版本的草案，立法院長游錫堃昨天召集朝野協商，部分條文取得共識，保留條文在今天的院會表決處理。
三讀條文明定，機關、事業單位、學校、法人等應給予接受居家隔離、居家檢疫者防疫隔離假，而隔離、檢疫者未違反相關規定，就接受隔離或檢疫之日起至結束之日止期間，得申請防疫補償，但有支領薪資或依其他法令規定性質相同的補助者，不得重複領取。
此外，機關、事業單位等給付員工依防疫隔離假規定請假期間的薪資，或給付員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假期間的薪資，得就該薪資金額的 200%，自申報當年度所得稅的所得額中減除。
原本在野黨主張防疫隔離假應給薪，國民黨團即提出應給予公假，薪水由政府支付，此外，因應學校可能停課，家長須請防疫照顧假者，則給予 6 成薪水，不過，最後在民進黨團以過半席次優勢下否決，最後通過版本是以行政院版為主，搭配協商完成條文及民進黨團修正動議版本為主。
行政院將在 27 日院會上提出上限 600 億元的特別預算，進行防疫、產業振興與紓困。特別條例施行滿 3 個月後，行政院應就疫情及相關預算執行狀況向立法院提出書面報告，施行滿 6 個月後，行政院長應於施政報告時向立法院提出疫情及相關預算執行報告。