第二批武漢台人返台專機分別由華航 (2610-TW) 及東航執飛載運 361 人，於昨 (10) 日深夜、今 (11) 日清晨抵台，經醫師健康評估，均無須後送，已全數送往 3 個檢疫所，疫情指揮中心指揮官陳時中也親自坐鎮，前往桃機及檢疫所關切，不過，本次包機有 30 人被拒絕登機，陳時中坦言，相當擔心後續狀況。
第一架華航班機原定接回武漢台人 202 名，結果有 11 人未報到、18 人拒絕檢疫，最後還有 4 人被請下機，狀況連連，導致班機延誤 4 小時，直至 10 日深夜 11 時許，169 人終於返抵國門；東方航空班機時程也因此延後，共載送 192 人於今天凌晨 4 時左右抵達桃園機場。
指揮中心說明，登機前，分別由我方 (華航) 及中方 (東航) 人員以「發燒或具嚴重呼吸道症狀者，無法上機」原則，嚴格執行檢疫，旅客抵台下機後，經醫師進行健康評估，均無須後送，統一由交通車載送國內 3 處集中檢疫所進行 14 天隔離檢疫。
陳時中指出，此次武漢包機過程一波三折，時程不斷往後延，但 361 人總算順利回到台灣，過程中，除了隨行的醫護及機組人員外，機場共出動 356 名工作人員、檢疫所 128 名、遊覽車 22 台、救護車 10 台，大家都徹夜未眠完成這項艱鉅的任務。
陳時中表示，第二批武漢包機之所以拖了 1 個月才定案，主要是因為兩岸認知不同，中方認為返台名單均呈陰性、登機者 PCR 檢測很安全，但我方認知病毒變化多端，堅持做好全套防護、防疫優先，此外，首批包機也未保障弱勢、登機程序粗糙、機上出現確診者，才導致後續包機時程延宕，幾經協調後，兩岸終於達成共識。
針對第二批包機名單是否符合預期，衛福部醫藥司司長石崇良指出，這次乘客中，18 歲以下孩童的比例約占 5 分之 1，其中包括強褓中的嬰兒、高齡 91 歲的長者，還有多位媽媽獨自帶著 2 個孩子，名單符合指揮中心老弱婦孺弱勢優先的原則。
不過，這次武漢台人包機返台狀況連連，除了有人沒來報到，還有 30 人遭拒絕登機，其中有位媽媽因體溫較高，一家三口被請下機，陳時中坦言，針對這些不登機、拒絕檢疫的人，雖然不清楚確切原因，但相當擔心這些人若後續被送往當地醫院隔離，能否受到良好的醫療照顧。