因應企業營運恐受疫情衝擊，財政部宣布放寬，讓受疫情影響企業可申請退還營業稅「留抵稅額」，根據賦稅署統計，截至 8 月 14 日為止，共有 2631 件申請，核退稅額共 5.62 億元，主要以批發、零售業為主。
財政部表示，企業從今年 1 月 15 日到 6 月 30 日止，也就是紓困特別條例施行期間，符合紓困資格者或是今年連續 2 個月平均銷售額，較去年下半年或去年同期平均營業額減少達 15%，都可申請適用。
根據規定，企業在計算應納營業稅額時可「進銷互抵」，也就是銷項稅額中扣抵進項稅額，互抵後的餘額報繳營業稅。
北區國稅局指出，當企業營收欠佳，導致進貨大於銷貨時，在進銷互抵後，多出來未使用的進項稅額可在申報各期營業稅時，用來留抵各期營業稅應納稅額，累計留抵金額最高可達 30 萬元。
北區國稅局表示，統計至 8 月 14 日為止，全國僅 70 件遭否準，原因是帳上無溢付稅額可退還，或是無法出示受疫情影響的證明文件因而無法退還核退稅額。