因應未來數位發展，傳出政府擬將科技部改回國科會並新設數位發展部，對此，科技部長吳政忠今 (3) 日接受廣播專訪表示，政院會做整體考量，但不論是科技部或數位發展部，跟其他部會都是一體的，且不管是部長或是主委，英文都是 Minister。
吳政忠表示，科技部與前身國科會作法並沒有很多差別，一樣是支援學術研究，最大的差異是科技部近年加速新創領域布局，培育台灣國際級新創。
吳政忠進一步指出，科技部前身是國科會，是屬於跨部會的委員會，但來後來改制為科技部，雖然執行力較強，但委員會較擅長協調，不過科技部、科技會報所負責的科技預算，與國發會負責的公共建設預算、社會發展預算，是擘劃國家未來發展的三大預算。
國科會是在 2014 年改制成為科技部，針對媒體指稱科技部將成為史上最短命部會，吳政忠表示，目前政院確實有很多方案，相信政院將進行全盤考量。
前科技部長陳良基也在臉書表示，科技是整個國家社會的基礎建置，恢復專業協調角色策略是對的，認為科技部不該獨立為部，而應回復為協助行政院規劃、推動各部會發展科學，並導入相關技術的幕僚角色。