LINE Pay 今 (2021) 年以來，已多次發生用戶無法登入的當機風波，主因一卡通公司系統異常導致，LINE Pay 今 (4) 日發布聲明表示，將進行登入方式改版作業，不過預期需要數個月，在此之前對於用戶與商戶的各項服務都將維持不變。
對於 LINE Pay 日前再度當機，LINE Pay 說明，該服務架構為「綁定卡片支付服務」由 LINE Pay 提供，而「LINE Pay Money 服務」由一卡通公司提供。 兩個服務本可採取「分開驗證」登入機制，但為了減低用戶之不便，故而發展出「單一驗證」登入機制，並在符合電子支付相關法令規範下，透過一卡通公司系統提供「單一驗證」登入機制。
LINE Pay 進一步指出，因上述登入機制，當發生如近日及今年其他一卡通公司系統異常事件時，已註冊 LINE Pay Money 的用戶無法成功登入驗證，導致不僅「LINE Pay Money 服務」無法使用，「綁定卡片支付服務」也不能使用。
今年因一卡通公司數次突發的系統異常，造成用戶與商戶使用上的不便，LINE Pay 表示，為了在不影響「單一驗證」登入機制的前提下做出了各種努力，但未能達到充份的成效，故 LINE Pay 評估在現階段可執行的最佳解決方案為將「單一驗證」登入機制改為「分開驗證」登入機制。
LINE Pay 預計進行改版作業，將登入機制由「單一驗證」變更為「分開驗證」，改版措施如下：
1.「單一驗證」登入機制改為「分開驗證」登入機制，即表示兩個服務將採用各自的登入機制
(1) 已註冊 LINE Pay Money 的用戶，可使用既有密碼登入「LINE Pay Money 服務」，但另需設定新密碼登入使用「綁定卡片支付服務」。
(2) 尚未註冊 LINE Pay Money 欲使用綁定卡片支付的用戶，可用既有密碼繼續使用「綁定卡片支付服務」。
LINE Pay 強調，上述相關改版作業預期需要數個月的時間，但 LINE Pay 將把此項作業放在第一位優先順位，並做好充分準備，儘可能減少影響用戶使用體驗。在 LINE Pay 進行相關改版作業期間，LINE Pay 對於用戶與商戶的各項服務都將維持不變。